教宗离开新加坡之前，与该国的主教、司铎及奉献生活者举行了私下会晤。
据梵蒂冈新闻网报道，9月13日早晨八点半，教宗在圣方济各避静院会见新加坡总教区的神职人员。吴诚才枢机代表大家欢迎教宗，致辞中提到教宗曾说过神父们应该像耶稣善牧一样，身上有羊群的味道。之后教宗向在场神职发表简短讲话，进一步阐述该如何成为好牧人。
新加坡华文教务委员会总神师萧永伦神父谈到：“教宗表示牧人要走在羊群前面，中间和后面。走在前面为引导羊群，走在中间为照顾羊群，走在后面有两个作用。第一是保护羊群，第二是驱使走错方向的羊回归正途。教宗也强调，牧人要和天主保持密切的关系，热心祈祷，做一个忠实的天人中保，把人们的需要带到天主那里去，也把天主的恩宠带给人们。”
教宗停顿了一下，向在场的神职微笑说：“要常微笑。不要做一个黑脸的人。要为你周围的人带来微笑和欢乐。”萧神父表示大家听后忍不住都愉快的笑了，神父们对教宗发自内心的肺腑之言深为感动。
在结束讲话前，教宗看见在场有两位修女，随机补充了几句话。他说修女在教会内可以扮演母性的任务，把天主的慈爱温良带给众人。而教会就是一位好母亲，她要关怀和照顾她的子女们。
最后教宗降福大家，并和神职们合拍全体照。他也通过教区代表分送在场每一位一串玫瑰珠。
教宗告别新加坡，结束亚太四国访问
在12天当中，教宗相继造访了印度尼西亚、巴布亚新几内亚、东帝汶和新加坡。之后，教宗返回梵蒂冈。教宗的座机预计于9月13日下午抵达罗马达芬奇国际机场。在进入机舱前，许多人向他致意，有些人要求与他自拍，还有人将一本书赠送给教宗。一如往常，他会在飞机上回答记者们的提问。
路程最长的旅行
教宗在新加坡的最后一项活动，是在“公教初级学院”（Catholic Junior College）与青年举行跨宗教会晤。之后，他从那里直接前往机场，需要经历12个多小时的飞行旅途才能回到梵蒂冈。教宗从9月2日至13日访问了4个国家：印度尼西亚、巴布亚新几内亚、东帝汶和新加坡，乘坐了7次飞机，发表了12次讲话及4次弥撒讲道。
空中电报
飞机启程后，教宗拍发电报给新加坡共和国总统尚达曼（Tharman Shanmugaratnam），表达了深切的感激之情，感谢总统的热情欢迎和慷慨款待。教宗表示必为该国的和平、团结及福祉祈祷。
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