在印尼的基督信仰由不同修会的传教士传入，圣若望二十三世教宗于1961年在印尼建立圣统制。保禄六世和若望保禄二世访问过这个国家，如今教宗方济各的来访再次带来了普世教会的关怀。
据梵蒂冈新闻网报道，9月4日下午，教宗方济各在雅加达的圣母升天主教座堂会见该国的主教、司铎、执事、奉献生活者、修女、修生和要理教员，向他们发表讲话，坚定他们的信德。继教宗圣保禄六世和教宗圣若望保禄二世之后，教宗方济各再次为印尼带来了普世教会的关怀。
教宗此次牧灵访问的座右铭是“信仰、友爱、怜悯”。这三个元素正是印尼天主教会历史行程的美好体现。这个教会在一个多民族、多文化的社会中虽然是少数团体，却非常活跃，不但积极参与多个主题的公开讨论，也与其它宗教和教会保持对话及合作关系。
印尼地方教会的起源
公元7世纪，俗称 “景教”的叙利亚东方教会将基督信仰传入印尼，但直到16世纪，葡萄牙传教士的到来，福传才得以扎根，在这些传教士中就有圣方济各沙勿略。
1605年荷兰人来到印尼，随即驱赶了葡萄牙人，将基督新教加尔文宗传到了印尼，天主教则在印尼群岛被禁，直到1806年为止。1807年，巴达维亚，即今日的雅加达，宗座监牧区成立，天主教传教士得以返回印尼。从19到20世纪，随着其它不同修会团体传教士的到来，印尼地方教会团体得以加强巩固。这个时期最有影响的传教士是荷兰籍耶稣会士若瑟·范利特（Franciscus Georgius Josephus van Lith SJ，1863–1926年），他创建了大批学校。
教会在20世纪的发展
在20世纪的最初二十年，一批新的宗座监牧教区成立，印尼东部地区由耶稣圣心会（MSC）传教士负责，婆罗洲（Borneo）和苏门答腊岛（Sumatra）由方济各加布遣会传教士负责，努沙登加拉（Nusa Teggara）和弗洛勒斯（Flores）岛则由圣言会传教士负责。
1924年，印尼主教们首次召开五年一次的主教会议。日本占领期间（1942-45年）主教会议没有举行，地方教会的发展遭遇挫折，印尼群岛上几乎所有的传教士都被拘禁。印尼籍耶稣会士阿尔伯特·苏吉亚普拉纳塔(Albertus Soegijapranata)于1940年晋牧，成为印尼的首位本地人主教。荷兰籍耶稣会士斯瓦昂斯（L.Swaans）神父在雅加达创办第一份印尼《天主教周刊》（De Katholieke Week），该周刊后来成了了解印尼天主教会资讯的主要来源。
1950年，圣座与印尼共和国建立外交关系，印尼主教于1955年恢复了全体主教会议，同时成立了印尼主教会议最高委员会（MAWI），印尼主教团（Konferensi Waligereja Indonesia，KWI）则于1987年成立。1961年，圣若望二十三世教宗在印尼建立圣统制，将全国划分为6个教省。1967年，达尔莫武佐诺（Justinus Darmowujono 1914-1994）蒙席成为首位印尼籍枢机。
两位教宗曾造访过印尼。首先是圣保禄六世教宗，他于1970年12月3日访问雅加达，与印尼总统苏哈托会晤，并在首都体育场举行了弥撒。随后，圣若望保禄二世教宗在1989年10月9日至13日第44次国际使徒之旅中，途经雅加达、爪哇、弗洛勒斯和东帝汶。
今日的印尼教会团体
印尼全国人口约2.76亿，是世界上穆斯林人口最多的国家，近90%的人信奉伊斯兰教。然而伊斯兰教并不是印尼的国教。印尼是一个多宗教和多种族的社会，国家格言是“异中求同”，这一特点形成了该国伊斯兰教历史上的宽容特征。教会团体也从这宽容中受益，圣座与印尼建立外交关系、两位教宗的到访，以及2015年圣座国务卿帕罗林枢机对该国的访问都证明了教会与国家的良好关系。
印尼地方教会自19世纪以来就一直稳步发展，如今，信友人数已经超过800万，略高于全国人口的3%，并且还在持续增长中。在地域上，天主教信友的分布并不均匀。虽然印尼教会是少数人团体，但充满活力，平信徒在牧灵使命中发挥着重要的作用，并积极参与国家的社会、经济和政治生活。但另一方面，近十年来，修会会士圣召有所下降，与上个世纪八十年代相比，下降幅度令人担忧。
教会在印尼社会中的临在
印尼教会团体尊重该国不同种族和文化，投身于社会、卫生、文化和教育活动，因而受到认可及赞赏，并且在国家公共事务的中心议题上非常活跃。从一再呼吁反对死刑，到反对堕胎合法化、多次谴责腐败、呼吁保护环境，再到积极捍卫建国五项原则、反对伊斯兰原教旨主义的影响，以及就印尼社会的各种社会问题，主教们从未放弃发出自己的声音。
面对印尼复杂多变的宗教、文化和社会背景所带来的挑战，教会近年来的行动都是在主教们2014年发出的一些基本指导方针下进行：重新启动牧灵和传教的旅程（也透过新的媒体），跟随教宗方济各在《福音的喜乐》（Evangelii Gaudium）宗座劝谕中指出的道路和“走出去的教会”模式；强调多元文化是教会的财富；加强宗教间对话；促进慈善活动。
主教们特别关心青年，帮助他们在多元文化的印尼社会中成为宣讲基督的主角，并成为正义与和平的“革新力量”。主教们于2012年发起了每四年举行一次的全国性的印尼青年日，旨在把青年天主教信友聚集在一起。另外，基督徒大公对话在印尼得到了很好的巩固，众多的基督信仰教会团体在不同的领域中耕耘。不同的基督信仰教派和传统的新教团体于1950成立了印尼共融教会，并与印尼主教团保持着密切的合作关系。
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